STIKes Guna Bangsa Yogyakarta memiliki lembaga pengelola di bidang pengembangan dan pengabmas, bidang penjaminan mutu internal dan Komisi Etik Penelitian Kesehatan
LPPM merupakan unsur pelaksana dengan mengkoordinir, memantau dan menilai pelaksanaan kegiatan penelitian dan kegiatan pengabdian kepada masyarakat
Komisi Etik Penelitian Kesehatan STIKES Guna Bangsa Yogyakarta adalah sebuah badan/unit independen yang berkoordinasi langsung dengan Ketua STIKES Guna Bangsa Yogyakarta yang bertugas mengkaji, menilai, meminta klarifikasi, modifikasi, kemudian menyetujui, atau tidak menyetujui suatu protokol penelitian yang mengajukan permohonan persetujuan etik penelitian.