STIKES Guna Bangsa Yogyakarta dibawah naungan Yayasan Pendidikan Guna Bangsa Yogyakarta (YPGBY) didirikan berdasarkan Akta Notaris Nomor 45 tanggal14 November 2008, Akta perubahan Nomor 50 tanggal 30 November 2009, Akta Pernyataan Keputusan Rapat Nomor 38 Tanggal 20 Oktober 2015, dan Akta Pernyataan Keputusan Rapat Nomor 04 Tanggal 10 Mei 2016.

STIKES Guna Bangsa Yogyakarta diselenggarakan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 70/D/O/2009 pada tanggal 02 Juni 2009. Pada awalnya, STIKES Guna Bangsa Yogyakarta menyelenggarakan tiga program studi yaitu Program Studi Kebidanan Program Diploma Tiga, Program Studi Analis Kesehatan Program Diploma Tiga dan Program Studi Ilmu Keperawatan Program Sarjana.

Yayasan  Pendidikan Guna Bangsa Yogyakarta berkomitmen untuk terus berjuang memajukan STIKES sesuai dengan Rencana Induk Pengembangan (RIP) bahwa setiap  (tiga) tahun akan menambah progran studi baru. Perkembangan program studi di STIKES Guna Bangsa Yogyakarta dari tahun ke tahun, meliputi Program Studi Vokasi, Program Studi Profesi  dan Program Studi Akademik